德州学院2002年开展研究生联合培养工作，2009年获批山东省研究生联合培养基地，2017年被列为山东省硕士学位授予立项建设单位，2022年被列为山东省硕士学位授予精准建设单位，2024年正式成为硕士学位授予单位，现有电子信息、材料与化工硕士专业学位授权点。

2022年，学校依托科研处成立学科建设与研究生教育办公室；2024年，成立学科建设与研究生教育处。